明代经济繁荣，商业发达，在思想方面也有一定程度的发展。 　　哲学思想上，王阳明继承的“心学”并发扬光大，他的思想强调“致良知”及“知行合一”，并且肯定人的主体性地位，将“人”的主动性放在学说的重心。而王阳明的弟子王艮更进一部的强化此方面的论述，提出“百姓日用即道”，肯定平民百姓日常生活的意义，而则更肯定“人欲”的价值，认为人的道德观念系源自于对日常生活的需求，表现追求个体价值的思想。因西学东渐使科学精神与实学风尚也开始流行。明末伴随着朝代的更替与异族的侵略，哲学家开始更多思考现实问题与政治改良，如王船山、黄梨洲、顾亭林等。 　　晚明书院的兴盛冲击了官学的地位，许多知识分子利用在书院讲学之际借机批评时政，如曾讲学于东林书院的顾宪成及高攀龙，就常讽刺时政，也使东林书院成为与当权派对抗的中心，进而导致东林党争。当时学者也会借用寺庙周边的空地举行“讲会”，倡导新的思想价值与人生观。明代书院的自由探讨辩论学风，是当时最开明进步的学术交融方式，在古老的中国书院里，不同流派的思想可以在此平等交流。明朝人视学阀为耻，将以权力压制民意视为卑劣，即使是高高在上的皇帝，权倾朝野的大首辅也不例外。